一、职称不同
1、主任医师：职称为正高级别。
2、副主任医师：职称为副高级级别。
二、晋升条件不同
1、主任医师：副主任医师满5年，有晋升主任医师的资格。
2、副主任医师：注册成为医师满4年，可以考主治，获得职称满5年，有晋升副主任医师的资格，一般是评，要论文、课题等等。
三、责任不同。
下级医生有疑问，可请示上级医师，重长手术多由职称高的副主任医师、主任医师主刀，级别低的医师做助手。卫生行政部门规定，住院医师、主治医师、副主任医师和主任医师能分别从事不同难度的手术，不能越级为病人做手术治疗。
专业技术职务有哪些系列？档次划分
目前设置的专业技术职务共29个系列，各系列一般分高、中、初三级，有些系列的高、初级又分为两档。详见下表：
各 系 列 专 业 技术 职 务 一 览 表
几个专业靠用系列（专业）的规定 （1）群众文化专业职务可以采用图书馆、博物馆专业职务系列的职务名称和档次，但应根据群众文化专业的特点，规定群众艺术馆、文化馆各专业职务的实施细则，内容包括岗位职责、任职条件、聘任办法和审批权限等。 （2）法医技术人员职务靠用卫生技术职务系列。法医技术人员的职务名称相应定为：主任法医师、副主任法医师、主检法医师、法医士。 （3）专利技术人员靠用自然科学研究人员职务系列。专利审查人技术职务名称为：专利审查研究员、专利审查副研究员、专利审查助理研究员、专利审查研究实习员；专利代理人员的技术职务名称为：专利代理研究员、专利代理副研究员、专利代理助理研究员、专利代理研究实习员。 （4）文学创作专业人员靠用艺术人员职务系列，采用编剧（含各类创作）类的名称和档次。文学创作专业人员的职务名称（创作等级）定为：文学创作一级，文学创作二级，文学创作三级，文学创作四级。 （5）原《教练员专业技术职务试行条例》（职改字1986第49号）规定教练员的专业技术职务为助理教练、教练、主教练（后更改为高级教练）。根据关于印发《体育教练员职务等级标准》和《关于〈体育教练员职务等级标准〉若干问题的说明》的通知（人职发〔1994〕17号），该试行条例现已废止。 （6）艺术系列增加电影放映专业。专业职务名称为：电影放映主任技师、电影放映技师、电影放映技术员。其档次分别与艺术系列二、三、四级舞台技术职务相对应。 （7）审计人员暂时靠用会计人员专业职务系列的名称、档次。根据工作需要，审计人员可在会计前面冠以“审计”二字以示区别。1987年8月16日中央职称改革工作领导小组《对审计署关于“审计会计师”今后简称“审计师”报告的批复》（职改字〔1987〕第 34号明确：将专业职务名称“审计会计师”简称“审计师”，各档次专业职务名称的简称分别为：高级审计师、审计师、助理审计师、审计员。 （8）计量检定技术人员靠用工程技术职务系列。在实行专业技术职务聘任制工作中，计量检定技术人员可采用工程技术职务系列的职务名称和档次。 （9）纺织品品种设计和服装设计专业技术人员选用工艺美术职务系列。在实行专业技术职务聘任制工作中，纺织品品种设计和服装设计专业技术人员选用工艺美术职务系列的名称和档次；根据纺织品品种设计专业和服装设计专业的工作性质和特点，可在工艺美术职务名称前分别冠以“染织设计”或“服装设计”四字，在涉外或日常工作中，也可采用简称，即国际惯用的“染织设计师”或“服装设计师”等职务名称。 （10）编纂地方志的专职人员可选用出版专业人员职务试行条例中有关“编辑人员及编辑职务”的条款进行聘任工作。 （11）企业专职从事经济法律工作的专业人员纳入经济专业职务系列。企业专职从事经济法律工作的专业人员，毕业于法律院校或经过省、自治区、直辖市或省辖市以上经济法律培训班的正规培训，并有一定经济法律工作实践经验，可以按照经济专业职务试行条例规定的任职条件，聘任相应的经济专业职务。 （12）在电化教育机构中，从事电化教育教学研究、电化教学指导、电教教材试验推广并亲自到中小学上电化教学试验课、示范课的教师，以及培训中小学教师、电教人员的教师，可靠用中小学教师职务系列，按照中小学教师资格条件，申报评审中小学教师职务资格。 （13）在电化教育机构中从事音像出版和电化教育刊物编辑、电教教材编导的技术人员，靠用出版系列，按照出版专业人员资格条件，申报评审出版专业技术资格。 （14）在电化教育机构中从事电教设备的研制与管理、技术革新、教材制作的技术人员，靠用工程技术系列，按照工程技术相应专业资格条件，申报评审专业技术资格。 （15）在电教机构中从事电教资料、信息收集、贮存、整理、服务工作的专业技术人员，靠用图书资料系列，按照图书资料人员资格条件申报评审专业技术资格。
一般分高、中、初三级。
专业技术职务的最高等级和结构比例按照事业单位的功能、规格、隶属关系和专业技术水平等因素，根据现行专业技术职务管理有关规定和行业岗位设置管理指导意见确定。
专业技术职务：是根据实际工作需要设置的有明确职责、任职条件和任期，需要具备专门的业务知识和技术水平才能担负的工作岗位。中国从1986年起实行专业技术职务聘任制度。目前设置的专业技术职务共29个系列，各系列一般分高、中、初三级，有些系列的高、初级又分为两档。
